Maria Luisa Filangeri inizia giocando con i ragazzini nelle formazioni miste dall'estate 2014 approda al Ludos Palermo. Con la squadra palermitana esordisce nel campionato di Serie B 2014-2015, contribuendo a raggiungere il sesto posto nel girone D e la conseguente agevole salvezza. La società non si iscrive al campionato e Filangeri si trasferisce alla Nebrodi di Capo d'Orlando in Serie B dove rimane per due stagioni, entrambe concluse con la salvezza. Nell'estate 2017 viene annunciato il suo arrivo all'Empoli con cui scende in campo in tutti i 22 incontri in massima serie conclusosi con la retrocessione in cadetteria. La stagione successiva si trasferisce al Florentia, neopromossa in Serie A. A disposizione di Stefano Carobbi totalizza solo 11 presenze su 22 incontri di campionato. Nell'estate 2019 si trasferisce al Sassuolo dove resta per cinque stagioni consecutive. Gli anni al Sassuolo le valgono la convocazione con la maglia azzurra nel 2021 e un posto nel squadra dell'anno AIC per l'anno 2022. A fine luglio 2024, Filangeri passa a titolo definitivo alla Fiorentina con cui firma un contratto triennale.